La Armada alinea en su Escuadra a 8 fragatas (1 Tipo 22, 3 Tipo 23, 2 de la Clase L y 2 de la M), adquiridas en el marco del Proyecto Puente II/III entre 2003 y 2008, que se encargan, además de custodiar la soberanía nacional, del control y fiscalización del mar, hasta el borde de las 200 millas que comprende la Zona Económica Exclusiva del país. La Tipo 22 Batch 2 (Clase Boxer) Almirante Williams (FF-19) está armada, tras la modernización a la que fue sometida en ASMAR en 2009, con 2 lanzadores verticales de misiles Barak 1 (asociados a sus respectivos radares de control de tiro ELTA EL/M2221)[03] que brindan protección antiaérea y antimisil, al igual que contra armas Stand Off a corto alcance. El Barak 1, de guía CLOS (Command to Line Of Sigth), tiene un peso total de 98 kg. (cabeza de combate de 22 kg.) y desarrolla una velocidad de 720 m/seg., siendo su alcance mínimo de entre 500 m. y 5,5 km. contra blancos aéreos. El máximo es de 10 a 12 km. Además, ahora dispone de 1 cañón Oto Melara de 76 mm. Super Rapid (asociado al control de tiro Maiten-3/CH de DESA) y un par de cañones BMARC GAM-BO1.
Las Tipo 23 (Clase Duke) Almirante Cochrane (FF-05), Almirante Condell (FF-06) y Almirante Lynch (FF-06) fueron incorporadas en 2006 y montan un lanzador vertical GWS-26 de 32 celdas para misiles Sea Wolf. La artillería comprende un cañón Vickers MK-8 Mod.1 de 114/55 mm. y 2 MSI DS30B MK-2 de 30 mm. Estos últimos, operados por un solo hombre, son capaces de realizar 650 dpm y tienen un alcance máximo de unos 3 km. Las Clase L (Clase Jacob Van Heemskerck) Capitán Prat (FFG-11) y Almirante Latorre (FFG-14) están diseñadas para brindar protección aérea a la Escuadra y montan a proa un lanzador óctuple MK.29 para misiles RIM-7 Sea Sparrow (alcance de 14 km.) y a popa uno simple MK-13 Mod. 4 para misiles RIM-66E Standard SM-1MR. De guiado radárico semiactivo, el SM-1MR Block VI –sin duda uno de los más modernos y letales sistemas de defensa aérea en Latinoamérica– tiene un peso de 449 kg., vuela a Mach 3,5 y su alcance es de 46 km. La defensa a corta distancia recae en 2 BMARC GAM-BO1 y en 1 CIWS SGE-30 Goalkeeper de 30 mm. Este sistema de lucha antimisil (basado en el GAU-8 Avenger) tiene un peso de 6.800 kg., capacidad de giro de 360º y funciona en modo completamente automático. La cadencia de fuego es de 4.200 dpm (1.190 cartuchos listos para disparar) y un rango de letalidad que cubre desde los 200 m. hasta los 3 km., con capacidad de disparo estimada en 75 por seg.
Las fragatas del la Clase M (Karel Doorman) Blanco Encalada (FF-15) y Almirante Riveros (FF-18), dado su rol preponderante para operaciones de guerra de superficie y antisubmarina, están armadas con 1 Oto Melara de 76/62 mm. Compatto (100 dpm y alcance de 16 km. en tiro de superficie y de 12 en antiaéreo), 2 BMARC GAM-BO1 de 20 mm. y 1 CIWS SGE-30 Goalkeeper de 30 mm. La defensa aérea propiamente dicha está a cargo de 8 lanzadores verticales MK.48 a popa para misiles RIM-7 Sea Sparrow (dotación de 16). Las unidades de los comandos de Misileras Norte (Iquique), que opera con 4 de la Clase S-148 (Tiger) –Riquelme (LM-36), Orella (LM-37), Serrano (LM-38) y Uribe (LM-39)–; y Sur (Punta Arenas), con Saar 4 (Clase Reshef) –Casma (LM-30), Chipana (LM-31) y Angamos (LM-34)– son unidades que disponen de una reducida capacidad de enfrentar amenazas aéreas. Las Clase 148 están armadas con 1 cañón Oto Melara de 76/62 mm. Compatto, un Breda-Bofors 40/L70 y un par de M-2HB; mientras que las Saar 4 montan 2 Oto Melara de 76/62 mm. Compatto, 1 40/L60 y un par de M-2HB.